MPC a conçu le « Grim », un chien menaçant créé par ordinateur qui hante Harry pendant tout le film, un loup-garou féroce et une autre visite du Saule cogneur. Au nombre des autres effets réalisés, mentionnons la métamorphose de Peter Pettigrew (Timothy Spall) en rat « Scabber » et vice-versa, de même que la transformation du professeur Remus Lupin (David Thewlis) en loup-garou. Des environnements 3D entiers ont agrandi les plateaux montrant le Saule cogneur pour créer des vues panoramiques de la campagne britannique sauvage. MPC a aussi conçu le générique du film, englobant des tournages en direct combinés à des modèles miniatures 3D et un logo animé en 3D d’un Harry Potter volant.
Collaborant étroitement avec le réalisateur, Alfonso Cuarón et les superviseurs d’effets spéciaux, Roger Guyett et Tim Burke, MPC a créé quelques-uns des principaux personnages du film. Chacun des personnages a été modélisé et animé en Maya. Des plugiciels exclusifs ont été rédigés de manière à atteindre un plus grand niveau de réalisme, ce qui n’aurait pas été possible avec des outils standards. Delilah, le système de fourrure 3D sur mesure de MPC a été conçu pour recréer les propriétés d’une fourrure naturelle et de simuler sa réaction aux différentes forces physiques comme le vent et la gravité. Cette technique a été utilisée sur plusieurs aspects différents du projet, dont la fourrure du Grim, le gazon et la fourrure du loup-garou. L’équipe a également développé un système musculaire pour dépeindre de façon réaliste l’anatomie musculaire des créatures en mouvement. PR Man a été utilisé pour les reproduire.
Des séquences du film présentent un design modifié du Saule cogneur initialement conçu par MPC pour Harry Potter et la Chambre des secrets. Une version plus noueuse et déformée de l’arbre, situé précédemment sur le terrain de Poudlard, apparaît dans ce film au-delà des murs dans la campagne sauvage. L’équipe d’effets de MPC a réalisé des prévisualisations précises pour un grand nombre de séquences lesquelles se sont avérées très utiles dans la scène où Hermione et Harry sont balancés de gauche à droite par le Saule cogneur, et une autre où Ron est tiré sur le sol par le Grim.
Les données prévisuelles ont été utilisées tant par l’équipe d’effets physiques et que par celle des effets spéciaux pour planifier les événements montrés. L’équipe des effets physiques a créé une plateforme pour faire osciller Hermione de gauche à droite, et l’équipe numérique a alors suivi ses mouvements et construit les branches oscillantes l’entourant. La conception de l’arbre a permis d’autres exploitations du système dynamique exclusif interne. Dans quelques cas, des versions entièrement numériques d’enfants et de parties de leur corps ont été utilisées pour des prises qui auraient été impossibles à réaliser en studio.
Les séquences de trainage par le Saule cogneur et le Grim ont été filmées en studio devant un écran bleu. En raison de l’espace restreint du studio, l’équipe avait besoin de créer un paysage numérique entier pour étendre l’horizon de la scène, et ce, avec des éléments incluant des roches, des fougères, de la bruyère, un lac, des forêts de pins, des montagnes et un ciel, le tout dépeignant un environnement physique extérieur réaliste. Il était important de créer cela en 3D plutôt que d’utiliser un décor numérique plus traditionnel en raison de la grande technicité de la caméra mobile d’Alfonso Cuarón. Les paysages numériques ont également été utilisés dans d’autres clichés rétrospectifs, alors que des séquences montrées précédemment étaient rejouées d’un point de vue différent, notamment lors de trois scènes, celles où l’extérieur de Poudlard et le Saule cogneur sont vus au printemps, en été et à l’automne.
Tout comme la lutte avec le Grim dans l’une des scènes principales, le loup-garou de MPC interagit aussi avec une créature CG conçue par une firme distincte d’effets spéciaux. Afin de créer l’impression d’une vraie lutte entre les deux personnages numériques, il était nécessaire d’intégrer des éléments d’une autre firme dans les prises de MPC et vice-versa. Par conséquent, une collaboration étroite entre les deux équipes était essentielle. Les chauves-souris CG d’une autre firme ont également été incorporées dans certains des paysages numériques de MPC.
MPC a aussi conçu les capes invisibles, un décor numérique du village de Pré-au-lard, un oiseau de synthèse, les effets de baguette magique, la fabrication numérique de neige et plusieurs autres effets pour le film.
